2013年8月15日，经学院党委会研究决定，成立中共委员会，是中共新疆农业职业技术学院委员会的下级党组织，在中共新疆农业职业技术学院委员会领导和指导下，负责农业工程分院党的工作。

　　主要职责是：围绕学院党委中心工作，推进分院党的建设工作；做好分院党建、班子建设、人才队伍建设和党风廉政建设，以及校园文化建设和学生思想政治教育；指导分院各党支部级抓好党的思想、组织、作风、纪律建设工作，做好精神文明建设、创新文化建设工作，确保分院党建工作规范运行、创新发展、务求实效；指导分院各党支部开展党员的教育管理服务监督，做好党员组织关系接转、党费管理、党内统计等日常工作；负责分院群众工作，支持工会、共青团等群众组织开展工作；负责落实全面从严治党要求，抓好阶段性重大活动和任务的组织落实；负责完成中共新疆农业职业技术学院委员会交办的其他工作任务。

截至2017年底，分院党委下设党支部4个，党员43人（其中学生党员11人）。